יומא יב: חולק עם רבי וסובר שאבנט של כהן הדיוט היה של בוץ.
סוכה לג: סובר אין ממעטין הענבים מן ההדסים ביו"ט.
ר"ה ד: חולק על ר"מ ורא"בי וסובר כיון שעבר חג סוכות עובר בבל תאחר.
תענית יב. חולק עם רבי וסובר שיכול אדם לאכול בתענית עד קרות הגבר.
יבמות עב. סובר שמילה שלא בזמנה נימולין בין ביום ובין בלילה.
כתובות מד. סובר שתוספת כתובה אך מן הנשואין.
ב"ק קה: המשביע עד אחד חייב העד קרבן שבועה.
ב"ב עט. הקדישן ריקנין ואח"כ נתמלאו מועלין אף במה שבתוכן.
סנהדרין עג: חילול שבת ניתן להצילו בנפשו.
מכות כ: שיעור קרחה (שחייב בה) כגרים.
ועוד נזכר בכמה מקומות בש"ס כדמובא כל המ"מ בספר נחלת שמעוני.
מאמריו היקרים באגדה
שבת לב: חולק על רבי ואומר בעון נדרים בנים מתים.
ביצה טו: אמר הק"בה בני לוו עלי וקדשו קדושת היום והאמינו בי ואני פורע.
יבמות סה: מאמרו היקר כשם שמצוה לומר דבר הנשמע כך מצוה שלא לומר דבר שאינו נשמע - מותר לשנות מפני השלום.
קידושין מ: עשה מצוה אחת אשריו שהכריע א"ע ואת כל העולם לכך זכות וכו'.
סוטה יא. מליצתו היקרה איך התחיל פרעה להשתעבד עם ב"י, שהביאו מלבן ותלו לפרעה בצוארו וכו'.
סנהדרין צח. אין בן דוד בא עד שיכלו שופטים ושוטרים (רעים) מישראל.
וכן נזכרו מאמריו היקרים במדרשים.
אומרי מאמריו
כמה מהלכותיו נשארו לפליטה בפי האמוראים כמו ר' אילעא יבמות סה:.
ר' אלעזר בן פדת זבחים סה: (ומה שכתב שם רא"בפ משום ר"א בן שמוע שאמר משום ר"א בר' שמעון הוא ט"ס וצ"ל רא"בפ משום רא"ברש).
ר' ברכיה בשמו ב"ר ספ"כב.
ר' חנילאי בשמו נדה מג:.
ר' יהודה בר"ש משמו חולין מח..
ר' יוחנן משמו ביצה טו:, ב"ר פ"ך-ו פס"ג-ז.
מלאי בשמו שבת קלט..
ר' שמלאי בשמו סנהדרין צח..
שמואל בשמו כתובות מד..
רב אמר זבחים קב: האי רינא מר"א בר' שמעון נמירנא, והלשון משמע ששמע מפיו.
ומאמריו הרבים בסודות התורה המובא בזהר אך אין לנו עסק בנסתרות.
פטירתו
בפסיקתא דר"כ צג: יסופר שר"א בר' שמעון חלש וראה שאשתו דחכא ובכייה, א"ל יודע אני דחכית יען שידוע לך מה טוב חלקי בעלמא דאתא, ודבכית דאמרת ווי לי דהדין גופא אזיל לרימה, ויודע אני שאמות אך אל תירא שלא ישלטו בי רימה ותולעה אך תולעת אחד תראה דנקרא אחורי אזני יען שפ"א באתי לב"המד ושמעתי אדם אחד מחרף (לצורבא מרבנן) והות ספיקא גבי למיעבד ביה דין ולא עבדית. וכן הוא ב"מ פד: בלשון אחר מעט, ושם שאמר לאשתו ידענא ברבנן דרתיחו עלי ולא מיעסקי בי שפיר ולכן אל תקברני אך השכיבני בעיליתאי ולא תדחלין מינאי והיה שם לא פחות מיח' שנים ולא יותר מן כב' שנים, ואשתו היתה מעיינת לו בשערו
